В 1657 году на безлюдном берегу Енисея в месте впадения в него реки Нижней Тунгуски в 30 верстах от последнего населенного пункта на пути продвижения первопроходцев, осваивающих Восточную Сибирь, высадился монах Тихон. Он построил часовню и келью и приготовился к долгому пустынножительству. Но его планам не удалось сбыться: к нему стали стекаться люди, как и он ищущие спасения и склонные к монашеству. К 1660 году вокруг монаха Тихона уже собралось много братии, а на месте часовни строился  храм  Живоначальной Троицы.

Братия просила своего наставника принять сан священника и встать во главе монастыря. Уступив их просьбам, монах Тихон отправился в Тобольск, где была архиерейская кафедра. Через несколько месяцев он вернулся к братии в сане священника и с указом об образовании монастыря.

 
Братия возрастала, укреплялось и материальное положение монастыря. Но подлинный его расцвет и усиление духовного влияния началось с 1670 года, когда иеромонах Тихон перенес в монастырь мощи первого сибирского святого Василия Мангазейского из умирающего города Мангазея.  К мощам первого сибирского святого, горячо почитаемого местным населением, включая язычников, стекалось много паломников. Царскими указами 1662, 1664, 1689  годов за монастырем были закреплены места лова рыбы  и земли, на которых расцветало и множилось разнообразное монастырское хозяйство. Особенно укрепилось оно после получения в конце XVII века по духовному завещанию богатых соляных ключей и крупнейшего в Сибири солеваренного завода.  


Вокруг монастыря на ранее безлюдном месте стали селиться люди, затерявшиеся на просторах приенисейского Севера. Вскоре поселение получило название – село Монастырское, затем город Туруханск – центр Туруханского края. Монастырь, таким образом, с самого начала своего образования собирал вокруг себя людей, давал работу, учил хозяйствовать, но прежде всего, был духовным центром: помогал людям, оказавшимся в языческом мире, сохранить веру, христианскую культуру и бытовые традиции.   Эту часть Сибири населяли тунгусы, остяки, кеты, якуты и другие кочевые народы Севера. Они  говорили на разных языках, которые мало общались между собой в силу различий языка, культуры, быта, способов хозяйствования и маршрутов передвижения. В таких условиях монастырь стал единственным фактором присутствия России в этих местах, оторванных на десятки и сотни верст от станков первопроходцев. В этих условиях он взял на себя неофициальную миссию поддерживать оказавшихся здесь  русских людей и налаживать связь с местным населением. Свято-Троицкий монастырь задолго до организации здесь миссионерской деятельности государства начал активное православное просвещение местного населения, организовал обучение русскому языку детей кочевников, создав школу для детей инородцев с интернатом для проживания. Школа эта просуществовала до прихода к власти большевиков.

В синодальный период и, особенно в годы земельных реформ, осуществляемых Екатериной II, положение монастыря резко ухудшилось. Лишение мест лова рыбы и охоты, земель и, особенно, соляных промыслов, привело богатый монастырь на грань нищеты. После определения монастырских штатов Свято-Троицкий Туруханский монастырь стал третьеклассным.  Число братии стало резко уменьшаться, в условиях сурового климата и крайней бедности рассчитывать на ее пополнение не приходилось. В пореформенный период штаты монастыря так и не были заполнены. Не прекращалась только богослужебная, учебная деятельность монастыря и поддержание памяти святого мученика Василия Мангазейского. Велось летописание и сбор материалов для его жития, собирались документы  для прославления основателя обители блаженного Тихона, пока все не сгорело в пожаре 14 ноября 1726 года.

Помимо основателя монастыря блаженного Тихона, обитель гордится именами подвижников веры, бывших в разное время его настоятелями: иеромонаха Мисаила (1788-1799), игумена Илиодора (1850-1863),  иеромонаха Макария (1895-1897), иеромонаха Серафима (1904-1917). Монастырь был ликвидирован в 1921 году. Монастырский храм Святой Троицы с предельным храмом  Благовещения  был закрыт только в 1930 году. До этого времени в нем совершал службы один из последних священников Туруханского края, благочинный иерей Мартин Римша, трижды подвергавшийся в этот период уголовному преследованию, отбывавший ссылку в Казачинских поселениях и умерший в 1941 году.

 
В 1990 году в поселке Туруханск был создан православный приход, а 8 июля 1991 году состоялось первое богослужение. Затем решением Священного Синода Русской Православной Церкви началось возрождение монастыря, первый устав был зарегистрирован 18 июля 1996 года. С декабря 1996 года настоятелем монастыря является игумен Агафангел.