Развитию монастыря и обширному каменному строительству в нем содействовал император Александр Павлович и обер-прокурор св.Синода князь А.Н. Голицын. Строитель обители иеромонах Герасим дважды был удостоен встречи с Российским государем. Внервые это произошло в 1823 году в С-Петербурге в Зимнем дворце, когда Александр I соизволил лично пожертвовать пять тысяч рублей на возведение в Высоковской пустыни первой каменной церкви. На следующий год, во время своего путешествия по Сибири в 1824 году, государь-император вновь произвел прием о.Герасима и "за особые его труды и попечение о Высоковской пустыни" наградил строителя золотым наперстным крестом с украшениями. В 1827 году в обители состоялось освящение первого каменного Никольского храма, а в 1829 году по Высочайшему указу Св.Синода Высоковская заштатная мужская пустынь была преобразована в третьеклассный единоверческий монастырь, а его настоятель возведен в сан архимандрита.

После кончины основателя монастыря архимандрита Герасима (2фев.1830г.), в обители продолжилось обширное каменное строительство. На средства монастыря и благотворителей в период настоятельства архимандрита Зосимы здесь возводят основные сооружения монастырского архитектурного ансамбля: главный Успенский собор (1834 г.), церковь во имя Трех Святителей - Василия Великого, Григория Богослова и Иоанна Златоуста, с трапезной (1835 г.), деревянная кладбищеская церковь во имя Св. Великомученника Георгия (1834 г., не сохранилась), четырехярусная великолепная колокольня (1830-е гг.), высота которой достигает 75 метров, жилые братские келейные корпуса и различные хозяйственные постройки. Обширная территория обители была обнесена высокой каменной оградой с четырьмя квадратными башнями по углам, одна из которых сохранилась и ее можно лицезреть пристроенной к братскому корпусу (см. фото). На западной стороне ограды находились главные монастырские Святые ворота.

Несмотря на свою отдаленность и малочистенность насельников, на протяжении второй пол. XIX столетия и нач. XX века Высоковский монастырь играл существенную роль в решении одной из наиболеее важных проблем в истории Русской Православной Церкви - борьбе с расколом. В обители особо почитался чудотворный образ Тихвинской иконы Божией Матери, который ежегодно с крестным ходом приносили для поклонения в уездный город Ковернино.

С приходом советской власти в 1919 году по причине малочисленности братии, Высоковский монастырь был преобразован в единоверческий приход, который просуществовал до 1929 года. Впоследствии здесь располагались различные организации и учреждения: правление местного колхоза, кинотеатр, конюшни, склады. Часть помещений использовалась в качестве жилых квартир для колхозников.

В 1979 году решением Горьковского облисполкома сохранившийся архитектурный ансамбль монастыря был взят под государственную охрану как памятник архитектуры, а в 1995 году ему был присвоен статус памятника федерального значения.
Возрождение монашеской жизни в монастыре началось в 1999 году, когда сохранившиеся монастырские постройки были переданы Нижегородской епархии. Первоначально в братском корпусе была обустроена часовня. В дальнейшем эта часовня была переоборудована в домовой Никольский храм, в котором в 2004 году и была отслужена первая Божественная Литургия.