Остров Лембос, где находился Ильинский скит, расположен в группе Байёвых (Байонных) островов, в 11 км к северо-востоку от о. Валаам. Он представляет собой величественную гору окружностью в два километра, покрытую вековыми соснами.

В 1867-1868 гг. игумен Дамаскин на пожертвования благотворителей выстроил здесь скит «для уединения братии», после чего остров получил название «Ильинский».

Небольшая одноглавая церковь с колокольней, украшенная резьбой, была сооружена в русском стиле по проекту Г. И. Карпова. Внутреннее убранство, иконы и резной иконостас изготовили валаамские насельники. К востоку и западу от церкви были построены два деревянных двухэтажных дома для братии числом 7 человек, возделывавшей сад и огород. На расположенном в полукилометре к югу острове Байонный находились деревянная часовня во имя св. Пророка Елисея, ученика св. Пророка Илии, и дом для странников. Богомольцы обычно прибывали сюда на монастырском пароходе «Сергий» воскресеньям, после посещения Святоостровского скита. На острове любил отдыхать владыка Антоний (Вадковский). Так, в 1893 г. он почти июнь провел здесь «в уединении и богомыслии».

В Первую Мировую войну сокращение численности братии, необходимость экономии на отоплении и освещении привели к закрытию в ноябре 1916 г. как Ильинского, так и Святоостровского и Авраамиевского скитов.

В 1950-е гг. деревянный храм был сожжен, утрачены и постройки на Байонном острове. Сохранились колодец на склоне горы, выложенный мрамором, — самый большой на Валааме — и аллея лиственниц.

В 2003 г. было принято решение о возобновлении скита. Архангелогородскими плотниками был срублен новый шатровый храм. В 2006 г. установлен иконостас, а 25 августа 2006 г. епископ Троицкий Панкратий, игумен Спасо-Преображенского Валаамского монастыря совершил освящение храма. В скиту построены деревянный келейный корпус, пристань. В западной части остро установлен деревянный поклонный крест.