С лечебной целью используют траву растения, корневища и сок. Млечный сок чистотела содержит до 20 алкалоидов и весьма ядовит. Концентрация алкалоидов в корнях примерно вдвое выше, чем в надземной части растения.

     Трава растения заготавливается с мая по август. Сушка — в сухих, теплых помещениях с хорошей вентиляцией тонким слоем 1-2 см. В плотно закрытых банках хранится до 3 лет.

     Сок готовится из всех частей растения, для чего особенно тщательно следует промывать корневища, дать хорошо обсохнуть, а затем, перекрутив в мясорубке, полученную кашицу отжать под прессом или через марлю. Сок в чистом виде или смешанный с водкой 40° (в соотношении 1:1) хранится в стерильных флаконах с плотно пригнанными пробками. Флаконы следует держать в холодильнике при температуре от +2°С до +4°С. Сок в чистом виде храните не более 6 месяцев, а приготовленный на водке — до 1 года. Сок чистотела и мазь на его основе применяются при бородавках, мозолях, лишае, чесотке, раке кожи, волчанке, туберкулезе кожи. Мазь готовится на основе вазелина(ланолина): 1 часть сока на 4 части вазелина, с добавлением 0,25%-й карболовой кислоты, чтобы мазь не плесневела. Настои и отвары из травы в соотношении 1:20 (10 г на 200 мл кипятка) применяют в виде примочек, компрессов, ванночек. В отваре купают детей при золотухе, болезнях кожи. Настои и отвары используют при себорее, псориазе, дерматозах, а также для полоскания полости носа при полипах и горла при папилломатозе гортани.