Оба слова пере водятся как "где". Как разобраться?
Kje используется в тех случаях, когда мы спрашваем, то есть не знаем где.
Kjer используется в тех случаях, когда мы описываем место, то есть можем вместо просто "где" подставить "там, где".
Сравните:
Ne vem, kje je Maja našla to knjigo.
Я не знаю, где Мая нашла эту книгу.
V trgovini, kjer je Maša kupila to knjigo, nisem nič našla zase.
В магазине, где Маша купила эту книгу, я ничего не нашла для себя.