В 1278 году аббат Йиндржих возвращаясь из дипломатической миссии, порученной ему чешским королём Отакаром II, из Иерусалима, прихватил с собой для монастырского кладбища щепотку святой земли с Голгофы. Весть об этом распространилась и кладбище быстро стало популярным т.к. все хотели покоиться в святой земле, а не в абы какой, и в результате сильно разрослось. Особенный наплыв «клиентов» случился в 1318 году после эпидемии чумы (Черная смерть) – в тот год похоронили более 30000 человек.

Около 1400 года прямо в центре кладбища был построен готический собор с усыпальницей. Усыпальница должна была служить складом для извлеченных из могил скелетов, поскольку места на кладбище не хватало. Одна из чешских легенд гласит, что после 1511 года работу по извлечению скелетов из могил и складированию их в усыпальнице выполнял полуслепой монах цистерцианского ордена.

Далее были войны гуситов в начале XV века, народные волнения, и прочий демографический кризис и все это легло тяжким бременем на одно кладбище. В какой-то момент постоянно растущее кладбище не смогло вмещать всех «желающих» и руководство распорядилось при новых захоронениях выгребать из земли старые кости и складывать в церковь. Так в церкви скопилось целых шесть огромных пирамид костей.

В 1784 году по распоряжению императора монастырь был закрыт, а его имущество и земли купила семья Шварценбергов. Новым хозяевам пришлась не по вкусу планировка и груды человеческих останков, и они наняли резчика по дереву Франтишека Ринта, сделать что-нибудь готичное. Франтишек с помощью хлорной извести очистил кости от остатков плоти и сделал, то, что видно на фотографиях, а именно – фамильный герб заказчика, люстру, в которой использованы все имеющиеся в человеке кости, дарницы, огромные вазоны из костей, и различные мелкие украшения. На стене церкви, справа от входа, автор оставил автограф, естественно тоже из человеческих костей. На эту работу у Ринта ушли по разным данным останки от 40000 до 50000 человек.