Музей в Кронштадте существует с 1991 года. С 2006 года расположен в исторической башне городского водопровода (водокачке), построенной в 1836—1839 гг., которая является объектом культурного наследия федерального значения.

Программа реконструкции водопровода Кронштадта принята в 1827 году. Здание было возведено для водоподъёмных машин в 1837—1839 гг. по проекту военных инженеров В. П. Лебедева и Татаринова. В нём были размещены две паровые машины, каждая мощностью в 8 лошадиных сил. Машины поднимали воду в резервуар, расположенный на втором этаже, откуда вода подавалась в городскую сеть. Источником воды служил водоём позади здания, сообщавшийся с Финским заливом. В 1870-е гг. и в 1887 году здание башни было надстроено.
Здание башни построено в стиле классицизма. Портик с шестью колоннами должен гармонировать со стоящей напротив кирхой святой Елизаветы. В процессе перестройки здание утратило первоначальный купол, вместо него выстроен верхний этаж с арочными окнами.
Музей был создан по решению Ленгорсовета № 273 от 15 апреля 1991 г. по инициативе городского клуба краеведов. Основу экспозиции составили коллекции предметов и документов Ю. И. Спиридонова, Т. Н. Лапиной, Ю. С. Мисоченко, В. М. Пирогова, В. Ф. Ключникова, Л. Н. Сергеевой и других кронштадцев. Основателем считается Юрий Иванович Спиридонов (1931—1998).
В бывшем здании кафе на Якорной площади расположена экспозиция «Три века истории Кронштадта», а в здании башни на Ленинградской улице — экспозиция «Тайны затонувших кораблей», посвящённая подводной археологии. Последняя демонстрирует предметы, поднятые с затонувших кораблей, начало было положено в 2009 году по материалам поисковых экспедиций проекта «Подводное наследие России».

Адрес: Ленинградская улица, дом 2. С 2014 года к помещениям музея добавилось историческое здание по адресу: Якорная площадь, 2а.


Вид с обратной стороны.


Фонтан, находящийся недалеко от музея.

Серия сообщений "Кронштадт.":
Часть 1 - Путешествие в Кронштадт. Главная достопримечательность - Морской собор..
Часть 2 - По пути к Морскому собору и дальше к морю!
...
Часть 18 - Кронштадт предпраздничный.
Часть 19 - Парк "Остров фортов".
Часть 20 - Музей истории Кронштадта.
Часть 21 - Ловим последние солнечные деньки в Кронштадте!
Часть 22 - Краски осени в сквере Инчхон на берегу Финского залива в Кронштадте.
...
Часть 38 - Триумф Российского флота.
Часть 39 - Парк "Остров фортов" обновился. Часть 1-ая: Пешеходная набережная.
Часть 40 - Парк "Остров фортов" обновился. Часть 2-ая: новые арт-объекты.