Храм стоит на Гутуевом острове, в устье Невы, куда после открытия Морского канала перенесли торговый порт. Жили в этом районе в основном таможенники, биржевые артельщики и портовые чиновники.

Чудесное спасение Императора Александра III с семьей 17 октября 1888 при крушении поезда в Борках под Харьковом вызвало в России множество откликов. В ознаменование этого события было построено несколько храмов.

Гражданский инженер В.А. Косяков и инженер Б.К. Правдзик создали проект храма на 1400 человек. За образец нового храма была взята церковь, что возводилась в Борках. Пока готовился проект, произошло другое событие: 29 апреля 1891 Цесаревич Николай Александрович тоже счастливо спасся при покушении на него японца-фанатика в городе Отсу. В годовщину этого события протопресвитером А. А. Желобовским был заложен храм с часовней-усыпальницей. В 1897 году строительство было завершено, отделочные работы продолжались ещё два года. 29 апреля 1899 митрополит Антоний вместе с о. Иоанном Кронштадтским освятил главный придел, а 18 июля того же года был освящен придел прп. Иоанна Постника. Правый придел храма был освящен во имя Святителя Николая Чудотворца.

Кирпичный, в московском стиле XVII века храм высотой в 42 м с большим куполом и шатровой колокольней над входом хорошо виден с Обводного канала, с Екатерингофки и с островов. При храме действовали приходское попечительство и бесплатная библиотека.

Церковь закрыта 5 мая 1935 и отдана под склад. Последний настоятель прот. Василий Васильевич Медведский был расстрелян. Во время войны в здание попал снаряд, и оно сильно пострадало от пожара. В советское время в здании храма поочередно размещались овощехранилище, мыловаренный завод, склады универмага "Фрунзенский", а на территории был церкви - автопарк. За 56 лет советской власти были полностью утеряны: шатры и главки над алтарем, стропильная система центрального барабана и его рельефный золоченый пояс по кровле, уникальная "ковровая" живопись (в оконных простенках, откосах, фризах), кирпичная кладка двух боковых приделов с кокошниками и оконными проемами высотой до 3,5 метров, мозаика икон на центральном барабане, мозаичный лик Спасителя, уникальный иконостас, набранный из мозаичных киотов высотой 3,5 метра, изготовленных из белого фаянса "под слоновую кость" (за который нижегородская фабрика М. А. Кузнецова, выполнившая этот заказ, в своё время получила медаль на Парижской выставке).

В 1991 храм возвращен верующим. К тому времени, он представлял из себя совершенно обезображенный остов здания. На праздник Богоявления 1992 в храме состоялось первое богослужение. Далее началась сложная реставрация храма под руководством арх. В.П. Ворпулева.

4 мая 1995 на куполе водружен крест. Ремонт и реставрация шли крайне медленно, ведь финансирование складывалось в основном из пожертвований прихожан. Для восстановления кирпичной кладки храма конструкций понадобилось изготовить более двенадцати типов фасонных кирпичей (по индивидуальным чертежам), более 50-ти видов рисунков майолики и пр. Ещё совсем недавно, в 2006 году на храме были видны изуродованные богоборцами остовы мозаичных картин.

Сейчас в храме Богоявления Господня богослужения проводится каждый день. Начало литургии в 9.00.