маяк, да, при обновлении оно оставляет конфигурацию прежней, только обновляет все пакеты и меняет репозитории. А в новой системе могут использоваться уже другие приложения и старые не так хорошо "затачиваются" для совместной работы в новом дистрибутиве - тоже словил на этом несколько проблем. Причём в местах, которые мне были некритичны - например, медиаплеер totem заменили на что-то другое и поэтому он перестал открывать файлы по сети в этой версии. На что заменили, так и не нашёл - пришлось править totem. :)
Лучше бы он сам заменился на это неизвестное что-то, более заточенное.