В "Книге о флагах" голландца. К. Алярда, переведенной на русский язык в 1709 г. по распорядению Петра I приводятся следующие описания флагов "Его царского величества Московского":
Первый флаг (1693 г.) "разделен на трое, верхняя полоса - белая, средняя - синяя, нижняя - красная. На синей полосе золотой с царскою коруною венчан двоеглавый орел, имеющий в сердце красное клеймо с серебряным святым Георгием без змия".
Второй (флаг военных судов) также имеет полосы - белую, синюю и красную, а эти полосы "прорезаны" синим, святого Андрея крестом. 

Штандарт Российский или Царский. Вот собственноручное описание Петра "Штандарт, черный орел в желтом поле, яко Герб Российской империи, имея три короны: две королевских и одну Империальскую, в которого грудях св. Георгий с драконом. В обеих же главах и ногах 4 карты морских: в правой главе Белое море, в левой Каспийское, в правой ноге Палас Меотис (Азовское море), в левой Синус Финикус (Финский залив) и пол Синуса Ботника (Ботанический залив) и часть Ост-Зее (Балтийское море)".

Коронационный штандарт Николая II

Дата принятия: 28 апреля 1883 г.

Окончательно национальным он стал в 1896 году. Черно-желто-белый остался только у императорской фамилии.
29 апреля 1896 Николай II повелел объявить теперь же, что национальным флагом должен почитаться во всех случаях флаг бело-сине-красный и другие флаги допускаемы быть не должны.

Флаг русской военной миссии в Берне

Новый флаг не вводился как обязательный, его использование лишь "разрешалось". Символика флага подчёркивала единение царя с народом.