Западная оконечность острова Котлин является наиболее низменной частью острова, с высотами не превышающими 2м над уровнем моря, береговыми валами и переувлажнённым понижением в центре. Искусственные рельефы местности - дороги и земляные валы фортов высотой до 12м - в несколько раз выше естественных форм рельефа. (На территории заказника находится форт "Александр Шанец".)

При частых наводнениях весь западный конец острова, кроме искусственных сооружений и насыпей, затапливается и оказывается залита водой. Очертания береговой линии этой части острова постоянно изменяются: вследствие естественных процессов намыва грунта формируются песчаные пляжи, а в местах размыва берегов в основном образуются галечные пляжи.