Марк Антокольский родился 2 ноября 1843 года в Вильне в многодетной еврейской семье. Его родители держали небольшой трактир на одной из центральных улиц города, но денег в семье все равно было недостаточно. Кроме Марка у Антокольских было еще шестеро детей — он был самым младшим.

Желание рисовать появилось у Марка Антокольского еще в детстве. Когда Антокольский подрос, его отдали подмастерьем к резчику по дереву.