Родиной основателя Раифского Богородицкого монастыря иеромонаха Филарета была Москва. По смерти своих родителей следуя совету Евангельскому, он роздал все имение нищим и постригся в монашество в Московском Чудовом монастыре. Любимый настоятелем и братиею, все смутное время до смерти патриарха Гермогена (12 января 1612 года) он прожил рядом со Святейшим и удостоился получить сан иеромонаха. Желая вести строгую иноческую жизнь в уединении, которое нарушали в Москве его знакомые и родственники, он оставил ее и направил свой путь в низовые губернии по Волге.

Пройдя многие монастыри и города, иеромонах Филарет прибыл в Казань, остановился здесь и поступил в число братии казанского Спасо-Преображенского монастыря, получившего свое начало еще в 1556 году по велению царя Иоанна Васильевича Грозного, а к началу XVII века считавшегося одним из лучших в городе. Славилась эта обитель своей древностью и обретением здесь мощей первых казанских святителей Гурия и Варсонофия. Это было в 1613 году.

Вскоре его жизнь, строгая и благочестивая, обратила на себя внимание настоятеля и братии, стала делаться известной и в городе, привлекая к себе множество почитателей. Филарет, чтобы избегнуть мирских почестей и рассеяния принял подвиг юродства. Днем он ходил по улицам и площадям, ночи проводил в молитве и бдении в своей келии. Истинно благочестивые люди, которые сумели под покровом юродства сумели разгадать духовные дарования инока,еще теснее сблизились с ним.

Особым почтением он пользовался в доме богатого казанского купца Сергия, с которым сблизился и проводил долгие часы в беседах о благочестии и вере. Дружба эта настолько окрепла, что Сергий выстроил в своем доме особую келью, где и происходило их духовное общение.

Любя уединение и безмолвие, Филарет часто удалялся из монастыря в дремучие леса и урочища, находящиеся около Казани.

В один из таких дней Филарет вышел за город и направил свой путь в сторону северо-запада, в места еще ему не знакомые. Пробираясь в девственный лес, инок случайно вышел на берег неизвестного озера, тихо плещущего светло-зеленые воды свои у отлогих берегов. Прекрасное и величественное, но вместе с тем несколько мрачное место, довольно удаленное и защищенное от людей дремучим лесом, пленило инока. Он решил остаться здесь и построил себе небольшую хижину. Это произошло в том же 1613 году и именно от этой даты ведет свое летоисчисление Раифская пустынь.

В каком именно году были освящены первые четыре храма, неизвестно, но можно утверждать, что они были построены и освящены при Митрополите Лаврентии, т.е. до 1670 года, практически одновременно с принесением сюда из Казани чудотворного образа Грузинской Божией Матери, прославившегося многочисленными чудотворениями и ставшего вскоре одной из главных святынь Казанской епархии.

Новоустроенная Раифская пустынь не была обеспечена ни угодьями, ни землёй. Монахи, своими руками с трудом обустраивавшие монастырь, находились в весьма скудном положении. Игумен Раифской пустыни Савватий в 1670 году писал в своём челобитье царю Алексию Михайловичу: "Зачата пустынь строиться, а братьи собрано человек с двадцать, а к той пустыни вотчины и пустых земель нету; строить нечем, скитаются Христовым Именем". По этой просьбе царем Алексеем Михайловичем Раифской пустыни была передана пустошь Свиные Горы над рекой Камой. В 1674 году пустыни также отошли лес, пашни и луга, находившиеся близ неё вместе с близлежащими деревнями с крестьянами по челобитью настоятеля пустыни игумена Алексия.

Постепенно Раифская пустынь обустраивалась материально, устраивать порядок внутренней монастырской жизни. Но прошло несколько десятилетий (с 1662 по 1689 гг.) и монастырь испытал страшное бедствие. В 1689 году пожар, неизвестно отчего возникший, истребил все строения Раифской пустыни, "церкви Божьи со всею утварью и колоколами", как сказано в челобитье игумена Германа с братьею. Обитель пришла в крайнее запустение, лишь немного священных предметов и вещей удалось вынести из храмов и келий. Кроме построек также сгорело более 100 десятин заготовленного для строительства леса, что существенно затрудняло восстановление пустыни. К великому счастью была спасена и Чудотворная Грузинская икона Божией Матери. Лишившись пристанища, старые и немощные иноки ушли в другие монастыри, большинство же осталось жить на пепелище, построив себе утлые хижины, испытывая подчас холод и голод, но предпочитая прежнее свое местопребывание всякому другому.

Правящий епархиальный Архиерей Высокопреосвященный Митрополит Казанский Адриан, увидев такую сильную преданность своему монастырю и вере Раифской братии, "озаботился устроением обители в лучшем виде" и решил восстановить ее и сделать это уже в камне. Чтобы решить поставленную задачу, он вызвал из монастыря иеромонаха Германа, "родом казанца, устроителя Раифской пустыни", как написано на его надгробии в Новоиерусалимском монастыре, и дал ему указание при сооружении обители Раифской иметь образцами Тихвинский и московский Новоиерусалимский монастыри, в которых Герман жил прежде.

С 1690 по 1717 гг. трудами третьего настоятеля обители игумена Германа при поддержке высокопреосвященного Маркелла (собственной своей казной и пожертвованиями от доброхотных даятелей) кроме настоятельских и братских покоев, других служб, внутри монастырской ограды (а она больше походила на крепостное сооружение, так как имела бойницы и пушки) построил несколько очень красивых церквей. Это были каменные церкви во имя Чудотворной Грузинской иконы Пресвятой Богородицы, храмы преподобных Отец в Синае и Раифе избиенных; Святителя Николая Мир Ликийских Чудотворца, а также ограда и три двухэтажных флигеля: для настоятеля, для братских келий и для трапезной. Строительные работы производились под руководством иеромонаха из Новоиерусалимского монастыря мастера-строителя Гермогена.

Преемник Владыки Маркелла по кафедре Митрополит Казанский Тихон Третий (Тимофей Васильевич Воинов) для Раифской пустыни оказался истинным благодетелем. Он особенно любил эту пустынь, так что в ней заповедовал и похоронить себя, хотя это завещание не было исполнено и он, как и Маркелл, был похоронен в Благовещенском соборе Казанского Кремля. Он закончил постройку каменных церквей, снабдил их богатой ризницей, вообще привёл всю пустынь в особо блестящее положение. Для своих частых приездов он построил отдельный домик. На монастырском озере долго сохранялся деревянный сруб, на котором некогда Высокопреосвященным была основана беседка, куда он часто хаживал, освежиться в жару и насладиться прекрасными видами, открывающимися отсюда во все стороны.

Вероятно, при митрополите же Тихоне явилось в обители то множество церквей, которым отличалась она в прежние времена от других казанских монастырей. По ведомости о монастырях Казанской Епархии, представленной в Синод в 1739 году, в обители Раифской указано 15 храмов, считая в том числе и приделы. "Настоящая каменная холодная церковь во имя Пресвятыя и Живоначальныя Троицы; при ней в трапезе придел во имя Пресвятыя Богородицы Грузинския; церковь каменная теплая во имя святых преподобных Отец в Синае и Раифе избиенных; при ней в трапезе придел во имя Евфимия, архиепископа Новгородского чудотворца; над теми же церквами вверху церковь святых мучеников пяточисленных: Евстратия, Авксентия, Евгения, Мардария и Ореста, да вокруг монастыря на каменной ограде церкви; на Св. вратах (восточных) во имя св. Николая чудотворца;

во имя Неопалимыя купины; во имя Тихона Амафунтского; во имя Св. апостола Иакова, брата Господня; во имя Страшного Суда; во имя святителей Гурия, Варсанофия и Германа, Казанских чудотворцев; во имя зачатия Иоанна Предтечи; при ней же во имя Ярославских чудотворцев; над ними вверху во имя Алексия, человека Божия; во имя св. мученицы Екатерины". Почти все эти церкви получили вклады от Митрополита Тихона, в виде дорогой церковной утвари и дрених икон. В этом ему помогали граждане Казанские, особенно сын вице-губернатора Никиты Алферовича Кудрявцева Мефодий Никитич, убитый сообщниками Е. Пугачёва на церковной паперти Казанского Богородицкого девичьего монастыря.

В 1794 году благочестивая казанская мещанка Надежда Ивановна Киселёва пожертвовала свои денежные сбережения на строительство церкви, которая была освящена в честь мучениц Веры, Надежды, Любови и матери их Софии, на месте разрушенной молнией церкви Страшного Суда Божия.

Последними строениями Раифской пустыни являются колокольня с надвратной церковью во имя Архистратига Божия Архангела Михаила, построенная на месте пришедших в ветхость башни с холодной надвратной церковью во имя Святителя Николая. Строительство колокольни было начато в 1889 году на средства и по подряду известного казанского благодетеля и мецената купца Михаила Тимофеевича Атлашкина, прах которого покоится на монастырском кладбище (умер в 1901).

14 сентября 1891 года в день празднования Воздвижения Креста на новую колокольню поднимали крест. В 1903 году престол надвратной церкви был освящён в честь Архистратига Божия Михаила, в память р.Б. Михаила Атлашкина, который был известным благодетелем не только Раифской обители, но многих других монастырей и приходских храмов.

Самая "молодая" постройка Раифского монастыря - собор в честь Святой Живоначальной Троицы, заложенный в 1903 году по проекту архитектора Ф.Н. Малиновского на месте старого храма, построенного в конце 17 века, и освященный 6 июня 1910 года архиепископом Казанским и Свияжским Никанором. Храм сей славился замечательнейшей акустикой - пение четырёх иноков на хорах слышалось окрест на 2 версты. К сожалению, в начале 20 века в обители не было достаточно средств и троицкий собор так и не был расписан, вот уже около 100 лет его своды ожидают своих живописцев.

При учреждении Раифской пустыни братии было в ней 20 человек, в первой половине 18 века - 30 человек, в 1764 году - 25 человек, в 1833 году -35 человек, в 1880 году - 42 человека, в 2001 году - 60 человек.

Спасли обитель от полного разрушения, практиковавшегося в то время в отношении храмов и монастырей, профессора Казанского университета. В 1919 году при Университете был основан лесной факультет и ему была передана Раифская обитель с её лесами.
С весны 1919 года снова вернувшиеся после первой попытки закрытия обители в 1918 году монахи возобновили богослужения в двух храмах, но часть зданий осталась за лесным факультетом. Тогда же началось разграбление обители, был вывезен хлеб и практически все запасы.

В 1918 году возглавлявший тогда Раифский монастырь иеромонах Сергий писал: "Раифская пустынь совершенно разграблена, разорена и уничтожена…". Что кроется за этими словами можно себе ясно представить лишь по тому, что из всей богатейшей монастырской ризницы и библиотеки, которые по праву считались богатейшими собраниями древних редкостей в Казанском крае, бережно хранившимися на протяжении нескольких веков, до наших дней сохранилось лишь несколько рукописных книг и предметов церковной утвари. Так же чудесным образом была спасена главная святыня монастыря - Грузинская икона Божией матери.

Раифские монахи были одни из немногих в среде духовенства Казанской Епархии, кто с первого дня отказался принять власть обновленцев, считая неканоническими: Высшее Церковное Управление, присланного в Казань в мае 1923 г. лжеархиепископа Алексия и Казанское Епархиальное Управление, возглавляемое незаконным архиереем. Обитель стала одним из оплотов Православия в Казанском крае.

Когда в июне 1924 года в монастырь перевели волостной исполком, больницу и школу из села Большие Ключи, забрав большую часть хозяйственных построек и братских корпусов, в Раифе проживало 25 монахов и 18 послушников, а настоятелем был архимандрит Феодосий. Последним же настоятелем был игумен Сергий. В июне 1928 года обитель была вновь закрыта. Однако крестьяне деревни Бело-Безводной организовали религиозную общину и власти, памятуя о массовом крестьянском выступлении 1918 года, не решились отказать в регистрации прихода. Из всех монашествующих - около 40 человек - крестьяне выбрали семерых, остальные нашли работу в селах, некоторых по старости приютили крестьяне окрестных деревень.

ГПУ давно желало окончательно расправиться с монахами Раифы, считая их косвенными виновниками массового противления крестьян коллективизации, ведь даже изгнанные из обители иноки не оставляли своего церковного служения - местные жители постоянно приходили к ним за советом, исповедовались и получали духовное окормление. Также не могла не тревожить ГПУ слава святой обители и единодушие крестьян, неизменно выступавших против закрытия обители, снятия колоколов, изъятия имущества и других репрессий. 23 января 1930 года ГПУ произвело аресты тех монахов Раифской пустыни, кто не вошел в общину и жил по окрестным селам. Таким образом, когда остававшиеся в общине семь иноков 26 января (накануне престольного праздника) начинали всенощную, они уже знали, что и их ожидают арест и неправедный суд.

В этот день в пустынь прибыло много монахинь из закрытых Казанского Богородицкого, Федоровского и Свияжского монастырей. Инокини добывали себе на хлеб прачечными и огородницкими работами, шитьем одеял, при этом из скудных зарабатываемых средств умудрялись поддерживать ссыльное духовенство (коему запрещалось совершать службы и требы, т.е. зарабатывать себе и семье на хлеб), собирать и носить в тюрьмы и следственные изоляторы обеды и вещи арестованному священству.
Отстояв всенощную, большинство прихожан осталось ночевать в храме или у знакомых. Утром состоялось трогательное богослужение.

По выходе из церкви все были арестованы, в том числе немощные, глухие, полуослепшие монашки, болезненные, почтенного возраста иноки; всех их в тот же день вывезли в Казань, где посадили в тюрьму. Через месяц, 20 февраля, был вынесен приговор тройки. По нему было расстреляно шесть насельников обители: игумен Сергий (Гуськов), иеромонахи Антоний (Чирков), Иов (Протопопов), Иосиф (Гаврилов), Варлаам (Похилюк), послушник Петр Тупицын и двое мирян: Василий Гаврилов и Степан Абрамов из деревни Бело-Безводной.

Ещё восемь иноков и послушников, около двадцати монахинь и десяти мирян было приговорено к 5 годам концлагеря или высылке в Севкрай. Имена их известны. В 1997 году, 6 апреля, в день расстрела 5 монахов и послушника состоялась канонизация Преподобномучеников Сергия, Антония, Иова, Иосифа, Варлаама и Петра. Так в 20 веке появились новые мученики "в Раифе избиенные".

После полного закрытия монастыря в 1930 году и происшедших здесь трагических событий, духовная жизнь в Святой обители на долгие десятилетия оборвалась. Тогда же большевики сняли со звонницы монастыря самый большой колокол, который упав, полностью ушел в землю. По воспоминаниям очевидцев, после падения и удара земля долго гудела.

Колокол был очень велик, весил около 500 пудов. Остававшиеся в обители иконы, книги, священнические облачения и все, что не представляло материальной ценности, сожгли. Предметы церковного обихода и утварь разграбили и древние храмы на десятилетия невольно стали безмолвными свидетелями тысяч трагически сложившихся человеческих судеб.

Монастырь был возвращён РПЦ в 1991 году.

В 1991 г. монастырь официально возрождён (первый на территории Казанской епархии). 14 августа 1991 г. была возвращена из Казани Грузинская икона Божьей Матери и состоялась первая служба в Грузинском соборе.

В течение 1990-х годов отреставрирован весь ансамбль обители и восстановлена полноценная монашеская жизнь. Братия насчитывает до 60 человек. При монастыре действует школа-приют для мальчиков-сирот; выходит газета «Раифский вестник» и приложение для детей «Светлячок»; широкую известность получил монастырский вокальный квартет «Притча».

На территории монастыря огромное количество заботливо выращиваемых цветников, а так же много скульптур, создаваемых монастырским послушником, профессиональным скульптором В.Н. Савельевым.

Достопримечательностью монастыря также являются молчаливые лягушки, которые не квакают вблизи монастыря. Однажды монахи Раифского Богородицкого монастыря попросили у Бога милости - избавить их от кваканья лягушек, мешающего им петь. Случилось чудо - лягушки замолчали. И молчат по сей день, хотя на берегу чудесного озера, где стоит Раифский Богородицкий монастырь они водятся в избытке. Многие, в том числе зарубежные ученые, пытались развенчать этот миф.

Привозили сюда французских жаб, которые вблизи монастырских стен замолкали. Увозили исследовать монастырских лягушек. Но уже в километре от монастыря они начинали возбужденно прыгать, а затем заливались громким раскатистым кваканьем. Молчание лягушек - чудо, с которым сталкивается каждый, приезжающий в Раифу.