Теперь о нынешней Кунсткамере, достроенной специально для "диковинного музея" в 1727 году. Однако нечисть не унималась и будто переехала вместе с экспонатами на новую квартиру. 
В Кунсткамере Петр приказал поместить голову своей казненной фаворитки Марии Гамильтон. Потом к ней добавилась голова Вильяма Монса, казненного любовника Екатерины - жены Петра. Подобные деяния не находили в народе понимания.

Царь Петр не дожил до открытия нового здания музея
Говорили, что каждый предмет музея носит "печать антихриста", не отбрасывает тень и оживает по ночам. По легенде, в Кунсткамере есть потайное хранилище, где собраны опасные магические артефакты.

Например, в хранилище Кунсткамеры находятся сломанные часы, которые иногда начинают идти назад, потом стрелки останавливаются на 9:45. Это предвещает смерть одного из смотрителей музея.
Другой таинственный экспонат - фигурка бронзовой кошки. Говорили, что она моргает, тот кто видел это - вскоре умирал. 
В музее были не только заспиртованные, но и живые "придворные уроды". Таким был Николя Буржуа, рост которого достигал 226 см. Скелет Буржуа остался в музее после его смерти. 

В 1747 году в здании Кунсткамеры случился пожар, говорили, что без шуток нечистого не обошлось. Многие экспонаты сгорели в огне, большую часть удалось спасти. Восстановить здание попытались только через семь лет, но спустя два года работы снова были прерваны.
Во время пожара пропал череп скелета гиганта Буржуа. Потом был найден новый череп. Говорят, скелет бродит ночами по Кунсткамере, ищет свою голову. 

С Кунсткамерой связана история Марии Гамильтон. Она была фавориткой Петра, которую жена царя Екатерина I обвинила в краже своих драгоценностей. Также царю сообщили, что Мария изменяла ему с денщиком, от этой связи родился ребенок, которого она умертвила. Гамильтон была приговорена к смертной казни за кражу и детоубийство. Екатерина I, не желавшая сопернице смерти, просила Петра смягчить приговор. Император, полагал, что убитый младенец мог быть его ребенком, поэтому отказался отменить казнь. Отягчающим обстоятельством также стало, что накануне Петр издал закон против дискриминации незаконнорожденных. Мария Гамильтон была обезглавлена. 
Денщика-соперника царь Петр помиловал. 
Описание казни свидетелем:«Когда топор сделал своё дело, царь возвратился, поднял упавшую в грязь окровавленную голову и спокойно начал читать лекцию по анатомии, называя присутствовавшим все затронутые топором органы и настаивая на рассечении позвоночника. Окончив, он прикоснулся губами к побледневшим устам, которые некогда покрывал совсем иными поцелуями, бросил голову Марии, перекрестился и удалился».
Голову казненной заспиртовали и хранили в Кунсткамере. 

Мария Гамильтон перед казнью
Вскоре в народе появилась легенда о зверствах царя-антихриста«...при государе Петре I жила необыкновенная красавица, которую как царь увидел, так тотчас и повелел обезглавить. Голову поместили в спирт в кунсткамере, дабы все и во все времена могли видеть, какие красавицы родятся на Руси»
Потом в Кунсткамеру попала голова Вильяма Монса - неосторожного любовника Екатерины I. Царь Петр быстро решил судьбу соперника.


Предполагаемый портрет Вильяма Монса 
Записи очевидца:"16-го, в 10 часов утра, объявленные накануне казни совершены были против Сената, на том самом месте, где за несколько лет повесили князя Гагарина. Бывший несчастный камергер Монс, по прочтении ему приговора с изложением некоторых пунктов его вины, был обезглавлен топором на высоком эшафоте..."
«Все присутствовавшие при этой казни не могут надивиться твердости, с которою камергер Монс шел на смерть. По прочтении ему приговора он поклоном поблагодарил читавшего, сам разделся и лег на плаху, попросив палача как можно скорей приступать к делу. Перед тем, выходя в крепости из дому, где его содержали, он совершенно спокойно прощался со всеми окружающими, при чем очень многие, в особенности же близкие знакомые его и слуги, горько плакали, хотя и старались, сколько возможно, удерживаться от слез».
«На обратном пути из дома графа Толстого высокие гости (императрица, принцессы и проч.) проезжали как мимо того места, где лежало на колесе тело камергера Монса, так и мимо того, где голова его взоткнута на шест».
Тело Монса лежало на эшафоте несколько дней.

В годы царствования Екатерины II голова Гамильтон пропала. В краже заподозрили английских моряков, которые пообещали вернуть голову. Они вернулись через год и привезли три головы басмачей, власти приняли эту компенсацию. 
По другой версии, голова Марии Гамильтон была похоронена по указанию императрицы Екатерины II.
Проверяя счета, Екатерина Дашкова - директор Петербургской Академии, заметила солидные расходы на смену раствора "экспонатов", которыми оказались две головы - мужская (Вильяма Монса) и женская (Марии Гамильтон). Дашкова узнала истории казненных и рассказала императрице. Говорили, будто Мария Гамильтон явилась к Екатерине II во сне и попросила успокоения. Императрица исполнила ее просьбу, голова была похоронена. Также похоронили голову Вильяма Монса.

Здание в годы блокады
В годы блокады подвалы Кунскамеры использовались как морг, здесь лежали тела найденных на улице ленинградцев, которых потом отвозили на кладбище.
В 2010 году накануне "Ночи музеев" сотрудники Кунсткамеры наблюдали паронормальное явление.
Корреспондент Гульназ Ахметшина, рассказывала: 
«Во все эти истории про полтергейст в кунсткамере я не верила, пока сама не увидела то, что зафиксировали камеры слежения музея. Однажды в субботу к нам забежал охранник и сообщил, что накануне вечером камеры слежения зафиксировали привидение. Мы ему не поверили. Тогда служащий позвал нас взглянуть на вчерашнюю запись. Но пока он доставал ее для демонстрации, на видеокамере, которая снимала онлайн залы, привидение появилось вновь. В общем, увидели его не в записи, а вживую. Это был белый шлейф, колыхающийся, как маятник, под потолком».

Призрак появился и на следующий день:«Я решила спуститься к парадной лестнице музея, где оно висело, и посмотреть на него вблизи. К сожалению, в зале его я не увидела. Просто было жутко там стоять. И я даже песенку полтергейсту спела – чтобы его успокоить. А вот мои коллеги, которые наблюдали за мной на камере слежения, видели и меня, и привидение. Причем, когда по ступенькам лестницы начала подниматься экскурсия, привидение исчезло».
Охранник музея пояснил, что подобные явления происходят регулярно.