Наконец разобрался с этим. Проблема заключалась в том, что именно в Debian Lenny beagled-helper постоянно грузил проц на 100%. Даже новая версия, которую я собрал из  sid страдала этой проблемой вместе со мной. Ключик к проблеме нашелся в логах ~/.beagle/log/, из которых стало ясно, что какие-то проблемы возникают при анализе видео файла и демон постоянно запрашивал mplayer (ага, бред, но тем не менее один из фильтров по ходу настроен на его применение). После установки  mplaer проблема пропала.
Кстати, отказался от использования kerry в пользу гуишника, запускаемого как beagle-search --hide, в силу того, что последний оказался информативнее.