Если счетчик будет установлен на страницах других серверов, то хиты на эти страницы учитываться не будут. Если ваш сайт доступен по нескольким разным именам (aliases), вы можете ввести их в поле "синонимы".
Возможна регистрация всего сервера и отдельных его каталогов. Например, вы можете зарегистрировать site.ru, site.ru/kino/ и site.ru/vino/. При этом на всех страницах сервера site.ru нужно установить только один экземпляр html-кода счетчика, при показе страницы из какого-нибудь из этих каталогов, хит попадет и в статистику каталога, и в статистику всего сервера. Каждый из каталогов и весь сервер будут иметь отдельную статистику и отдельно участвовать в рейтинге.