Столкнулся тут с проблемой в Debian Lenny и Ubuntu 8.04. При уровне логирования iptables по умолчанию (уровень warning), логи пишутся сразу в 4 файла: в syslog, messages, kern.log и еще куда-то. Виновным вроде как оказался конфиг /etc/syslog.conf,  а именно эти строки:

*.*;auth,authpriv.none          -/var/log/syslog   
kern.*                          -/var/log/kern.log
*.=info;*.=notice;*.=warn;\
        auth,authpriv.none;\
        cron,daemon.none;\
        mail,news.none          -/var/log/messages

Пришлось поменять на следующие:
*.*;auth,authpriv.none,kern.none        -/var/log/syslog
kern.*;kern.!=warn   -/var/log/kern.log
*.=info;*.=notice;*.=warn;\
        auth,authpriv.none;\
        cron,daemon.none;\
        mail,news.none          -/var/log/messages
И собственно, респект автору статьи  Настройка syslog.