Впервые за сотни лет у науки появились новые сведения о Марии Магдалине. Из книг Накхамади следует, что Иисус отличал ее среди учеников. Мария Магдалина предстает здесь в совершенно новом качестве. Когда Иисус говорит с учениками, Мария задает ему умные вопросы. Другие ученики часто путаются, а она понимает все. Это своего рода вызов традиционному образу Марии – она уже не кающаяся грешница, следующая за Христом. Но и это еще не все. Один из текстов, найденных в Накхамади, - Евангелие от Филиппа. В нем Мария Магдалина занимает ключевое место.

Здесь есть один очень спорный отрывок. Пока книги лежали в пустыне, некоторые из них были повреждены муравьями. В Евангелии от Филиппа они прогрызли дыру. Эта лакуна мучила ученых много лет. В одном из абзацев, где явно говорится о Марии Магдалине, муравьи съели почти половину имени, но понятно, что речь идет о ней. В обрывочном тексте в том числе сказано: "Спаситель любил ее". После лакуны в сохранившемся тексте ученики спрашивают, почему он любит Марию Магдалину больше, чем их. Таким образом, исходя из оставшего текста и грамматики коптского языка удалось востановить текст: "Спаситель любил ее больше других учеников". Это значит, что у Марии и Иисуса были особые отношения, что он предпочитал ее общество обществу учеников.

В тексте есть даже намеки на большую близость: "И он поцеловал ее в губы". 

Поцелую можно дать такое объяснение. Действительно, в Евангелии от Филиппа сказано, что Иисус любит Марию и целует ее в губы. Для современных западных читателей это означает любовную связь. На самом деле так происходила передача тайного знания (вспомним поцелуи советских высших партийных руководителей, но у хозяйственных руководителей такое не практиковалось). Поцелуй становится символом принятия учения и божественных слов. То есть в Евангелии от Филиппа говорится, что Мария была личной ученицей Иисуса. Марии Магдалине Иисус говорил то, чего не говорил другим, потому что она понимала все лучше других, и ей можно было сказать большее.
 
Есть данные, что легендарная чаша Грааля, наполненная Кровью Христовой (во все христианские времена многими и много безуспешно искомая) - это Его дочь Сарра, родившаяся уже после жертвенной гибели, и которую Мария сумела спасти от гонений и смерти, увезя в младенчестве в дальние земли Римской империи через Египет на юг современной Франции и передав на воспитание доверенным людям. В этом случае легенда свидетельствует, что Его дочь имела многочисленное потомство. 

Средневековое представление о чаше Грааля как о некой золотой чаше, украшеной драгоценными каменьями, в которую одним из апостолов якобы была собрана кровь из раны распятого Христа, абсолютно нереальна - у нищих учеников Христа (апостолов) не было таких царских драгоценностей, да и апостолы при казни все разбежались. Хотя в Евангелии от Иоанна и сказано, что сам автор Евангелия Иоанн присутствовал при казни (Евангелие от Иоанна 19:26), в других Евангелиях подтверждения присутствия мужчин нет.